Desde su creación Fleni ha prestado especial interés a la investigación clínica. La misma forma en la actualidad uno de los pilares básicos de su desarrollo institucional.
Protocolos institucionales, multicentricos nacionales e internacionales principalmente no relacionados a la industria farmacéutica y también pero en menor medida relacionados a la misma forman parte de la agenda habitual de investigación. El perfil académico de los líderes de opinión de las diferentes áreas de las neurociencias hace que la investigación clínica de agenda propia ocupe un lugar preponderante y primordial en el desarrollo de las diferentes secciones. Liderada por investigadores Clínicos de CONICET que forman parte del plantel institucional, numerosos estudiantes de Doctorado y Post-Doc llevan a cabo una variada agenda de protocolos Clínicos subvencionados por Fleni, agencias gubernamentales y otros organismos de financiación privados.
